Діяльність сучасного зоопарку неможлива без тісного співробітництва з іншими зоопарками всередині країни і без міжнародного співробітництва. Співробітники діляться досвідом з питань утримання колекції і проектування вольєрів, досвідом лікування тварин і просвітньої роботи. І, звичайно ж, зоопарки обмінюються тваринами з метою поповнення експозиції і створення пар тварин для розмноження.
Зараз, незважаючи на всі труднощі, пов’язані з війною, Миколаївський зоопарк продовжує таке співробітництво . 26 грудня 2023 року відбувся великий обмін тваринами з одним з українських зоопарків, що був створений зовсім недавно, але вже має цікаву колекцію тварин - Екопарком Ковалівка (Полтавська область) Екопарк Ковалівка. Колеги з Екопарку Ковалівка передали нам: молоду самку ягуара (Panthera onca), самку гривастого барана (Ammotragus lervia), самку мари патагонської (Dolichotis patagonum), самку альпаки (Vicugna pacos). Всі ці тварини прибули в пару до тварин нашого зоопарку. Також до Миколаївського зоопарку була привезена ціла група птахів: самець бороданя (Gypaetus barbatus) (в пару до нашої самки), пара фазанів-вуханів сизих (Crossoptilon auritum), пара гусок гірських (Anser indicus), 2 пари гусок китайських (Anser cygnoides), пара гусок білошиїх (Anser canagicus), пара гусок курячих (Cereopsis novaehollandiae), 2 пари султанок сіроголових (Porphyrio poliocephalus), пара трагопанів Темінка (Tragopan temminckii), самиця журавля-вінценоса південного (Balearica regulorum) (в пару до нашого самця). Натомість Миколаївський зоопарк передав в Екопарк Ковалівка: самку ягуара (між зоопарками відбувся обмін самками ягуара для того, щоб створити пари тварин, які не є родичами), чотири голови козла гірського сибірського (Capra sibirica), пару білоплечих орланів (Haliaeetus pelagicus), самку сипа білоголового (Gyps fulvus) та двох орланів-білохвостів (Haliaeetus albicilla), які були врятовані на початку війни.
Всі тварини, що прибули до Миколаївського зоопарку, після адаптації та проходження карантину поповнять нашу експозицію!